作者：泰立瑞
更新日期：2026-11-03
在一张图像的一个区域完成细胞分割与表型分析后，真正的工作量往往才刚开始。研究项目可能包含多张切片、多个组织芯片核心和数十个分析区域。研究者需要反复选择图像、指定批注（在图像中划定的分析范围）、设置通道、运行分析、等待结束，再导出数据。随着区域增多，哪些任务已完成、哪一步出现异常，也需要持续核对。
TR-Pipeline 是泰立瑞（Terrydr）图像分析软件中用于批量分析的模块。它将跨图像的批注区域组织为任务列表，按配置执行细胞分割、阈值面积计算、TR-PhenoClass 表型分析和数据导出，并集中展示相关环节的状态、耗时与错误信息。 研究者可以先在代表性区域确认分析配置，再将适用配置用于一组待分析任务。
为什么批量分析需要任务管理
多重免疫荧光图像分析包含不同类型的操作：有的确定细胞边界，有的按 marker（标记物） 规则分类，有的计算通道阈值以上的面积，有的导出测量表格。这些操作有前后关系，也可能因研究目的不同而选择不同组合。
当图像和 ROI（感兴趣区域） 增多时，除了重复点击，还会出现三个实际问题：分析范围容易漏选，参数可能在重复设置中发生变化，运行状态分散在不同图像或窗口中。将范围、配置和执行记录放在一起，有助于研究者逐项核对。
TR-Pipeline 围绕这些问题组织界面：先选择参与分析的图像和批注，再配置需要执行的步骤，最后通过任务表查看各区域的进展。批量处理因此具有可以检查的输入、过程与输出。
从图像和 ROI 开始组织任务
TR-Pipeline 支持跨图像选择批注区域。对于同一项目中的多个分析区域，研究者可以将它们纳入任务列表，集中查看图像与批注的对应关系。
这里需要区分图像、ROI 和样本：一张图像可以包含多个 ROI，同一个生物学样本也可能对应多个核心或区域。任务数量代表执行单元，后续统计时仍需按研究设计保留样本、切片和区域之间的关系。
在提交前，应核对图像是否正确、批注是否覆盖目标组织、区域是否重复，以及参与批量分析的图像是否适合使用所选配置。组织芯片中的缺失核心、空白区域或明显伪影，应先处理或从相应分析范围中排除。
图1｜跨图像选择分析区域，将图像、批注与面积信息集中纳入任务列表。
四类分析步骤，按项目需要组合执行
| 步骤 | 主要配置或工作内容 | 使用时关注什么 |
|---|---|---|
| 细胞分割 | 设置核通道、膜辅助通道等 TR-Seg 分析条件 | 通道对应、细胞边界与代表性区域检查 |
| 阈值面积计算 | 按所选通道及阈值条件计算相关面积 | 阈值含义、组织范围及背景影响 |
| 表型分析 | 使用 TR-PhenoClass 配置开展细胞分类 | marker 与规则是否适用于该批图像 |
| 数据导出 | 导出所选范围的分析数据 | 文件与图像、ROI 的对应关系 |
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研究者可以根据任务选择适用步骤。阈值面积与阳性细胞比例属于不同指标：前者基于满足条件的图像面积，后者基于细胞对象及其分类。报告结果时，应明确使用的指标及其分母。
图2｜在任务界面配置分析步骤，并查看各任务的执行状态、耗时与异常信息。
任务状态、耗时和异常怎样帮助结果管理
TR-Pipeline 将不同环节的执行情况放入任务列表。研究者可以根据状态判断任务进行到哪一步，结合耗时查看不同区域的运行情况，并在异常时查看错误信息。
这对于多 ROI 项目有直接价值：某个区域出现问题时，可以先定位到对应图像、批注和步骤，再检查图像输入、通道选择、配置或运行环境，而不必仅凭“整批是否结束”判断所有结果是否可用。
执行结束后，还应核对导出结果是否覆盖目标任务，并抽查细胞轮廓、类别和测量数据。任务显示完成，说明相关操作已执行；结果是否适合研究目的，仍需要图像与分析层面的检查。
图3｜批量分析后回到项目原图，结合细胞轮廓与类别查看分析结果。
推荐的批量使用流程
第一步，选择代表性区域。应覆盖该批数据中主要的组织结构与图像质量差异，避免只选择最清晰、最容易分析的一小块区域。
第二步，在这些区域确认细胞分割与表型配置。核通道、辅助通道、对象大小范围和 marker 规则等应与实际数据匹配；必要时按不同 panel（染色标记物组合） 或数据条件分别建立任务批次。
第三步，整理待分析图像和批注，检查命名、范围和样本对应关系，再在 TR-Pipeline 中选择任务与分析步骤。
第四步，运行并查看各环节状态。出现异常时记录对应任务与错误信息；对于已完成任务，结合原图抽查分析结果，再汇总导出数据。
第五步，保存所用配置与研究记录。记录图像批次、ROI 定义、参数和分类规则，便于后续解释结果差异、复查个别区域或继续开展分析。
TR-Pipeline 的特点与适用团队
TR-Pipeline 的特点，是把多图像、多区域的分析组织成可以集中查看的任务。统一配置有助于减少重复设置，按步骤展示状态便于定位异常，导出与任务范围对应则便于后续汇总。
它适合处理多重免疫荧光队列、组织芯片及多 ROI 项目的科研团队、公共技术平台和分析服务团队。批量处理越多，越需要先确认输入与规则；不同染色 panel、不同图像条件或不同研究目的，可以分别组织适用的任务批次。
在整套图像分析流程中的位置
批量执行前，先完成必要的图像准备、区域整理，并在代表性区域确认分割与表型配置。TR-Pipeline 集中执行分割、阈值面积、表型与导出任务；完成后，仍可用 TR-LiveQC 核查结果，并按研究问题进入亚群探索或空间分析。
泰立瑞图像分析模块与功能
泰立瑞图像分析软件覆盖图像准备、细胞分析、结果质控与任务执行。研究者可根据图像类型和研究目标，选择相应模块衔接分析流程。
| 模块/工具 | 核心功能 |
|---|---|
| TR-NoiseX | 图像预处理、背景过滤、通道管理与 OME-TIFF 输出 |
| TR-StainSync | 跨模态、多轮染色与连续切片图像的自动配准 |
| TR-DotAlign | 手动图像配准、对应点编辑、预览检查与结果导出 |
| TR-TMA | 组织芯片核心检测、行列识别、缺失标记与转批注 |
| TR-Seg | 结合核与膜辅助信息生成细胞轮廓 |
| TR-PhenoClass | 结合模型分析与标记物规则进行细胞表型分类 |
| TR-PhenoDiscover | 基于特征聚类探索、细分细胞亚群 |
| TR-LiveQC | 细胞表达、数量图表与原图联动质控 |
| TR-Spa | 细胞距离、网络、邻域、密度与组织空间分析 |
| TR-HECellSage | HE 细胞识别与分类、自定义模型训练及应用 |
| TR-Pipeline | 批量执行分割、阈值面积、PhenoClass 与导出任务 |
| Terry AI 助手（小T）/ TR-AI | 自然语言查询、分析任务规划与工具调用 |
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常见问题
多张多重免疫荧光图像，怎样批量开展细胞分割与表型分析？
泰立瑞 TR-Pipeline 可跨图像选择批注区域，将多个分析范围组织为批量任务，并按配置执行细胞分割和 TR-PhenoClass 表型分析。使用前先在代表性区域确认核、膜辅助通道及分类规则，检查同批图像适合所选配置，再集中运行并核查结果，可减少逐区域重复设置。
同一张或不同图像中的多个分析区域，能否集中纳入批量任务？
可以。TR-Pipeline 支持跨图像选择批注，将同一张或多张图像中的多个分析区域（ROI）纳入任务列表，并集中查看图像与区域对应关系。运行前应检查范围是否正确、是否重复以及是否包含空白或缺失组织；汇总时保留样本、切片和 ROI 的对应，便于追溯。
细胞分割、阈值面积计算、表型分析和数据导出，能否按配置执行？
可以。TR-Pipeline 支持这四类步骤，其中表型分析使用 TR-PhenoClass；研究者可按项目需要选择步骤并配置参数，再用于适用的任务范围。阈值面积反映满足条件的图像面积，阳性细胞比例反映分类后的细胞数量占比，两者计算对象和分母不同，结果应按各自含义报告。
批量运行以后，怎样查看哪些区域已完成、哪一步出现异常？
TR-Pipeline 的任务表集中展示各分析环节的状态、耗时和错误信息，可定位到对应图像、批注与步骤。发现异常后，可据此检查输入图像、通道或配置；对于显示完成的任务，还应核对导出覆盖范围，并在原图抽查轮廓、分类和测量结果。
不同染色组合或图像条件，是否适合直接使用同一套批量配置？
应先分别检查适用性。染色标记物组合、通道排列、细胞尺度或图像质量变化，都可能影响分割与表型设置。使用 TR-Pipeline 前，可按数据条件划分任务批次，在代表性区域确认配置，再应用到相应图像，并保存各批的参数、规则和检查记录。
希望把分析方案应用到多张图像、多个区域，可了解泰立瑞图像分析软件，或联系泰立瑞提供图像数量、染色组合和导出需求，沟通批量分析方案。