组织芯片图像分析——泰立瑞TR-TMA的核心检测与分批处理

作者：泰立瑞

更新日期：2026-11-03

一张组织芯片图像可以同时包含多个组织核心。进入细胞计数、表型分类和空间分析之前，研究者首先需要把每个核心的位置、编号与样本信息对应起来。如果核心定位不准确，或者不同批次的结果失去编号，后续统计就难以追溯。

TR-TMA 是泰立瑞（Terrydr）图像分析软件中的组织芯片核心自动检测模块，用于识别 TMA 核心位置，辅助检查和微调，并可将检测结果直接转换为批注（在图像中划定的分析范围），作为后续分析区域。 研究者完成核心检测与核查后，即可在转换得到的批注中继续细胞分割、表型分类或相应的定量分析，将核心定位与细胞级研究衔接起来。

对于多重免疫荧光（MIF）组织芯片，项目中既要处理多个核心，也要保留细胞、通道和表型信息。TR-TMA 的作用是先明确“在哪个核心分析”，再让分割、分类与结果汇总有清楚的区域基础。

组织芯片分析首先需要管理什么

TMA 图像分析涉及位置、样本身份与分析结果三类信息。核心位置回答当前区域在哪里；编号或样本映射回答它来自哪个研究对象；结果表记录该核心中获得的计数、表型或测量值。

把核心位置、样本编号和测量结果连接起来，研究者就能从汇总表追溯到原图中的具体区域。这对于多样本队列和多核心比较尤其重要。

因此，使用 TR-TMA 时，可以先确认下列信息：图像中实际可见的核心有哪些，哪些位置存在组织缺失，编号怎样与样本表对应，以及本次准备分析哪些区域。完成这些准备后，再进行细胞与通道层面的处理。

TR-TMA适合哪些使用场景

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这些场景的共同目标，是让核心检测结果真正进入可管理的项目流程。不同组织、染色和扫描条件下，核心边缘、碎片、缺损和相邻组织都需要实际检查。

图1｜组织芯片核心与网格叠加显示，便于查看核心位置、行列排列、缺失位置和组织完整性。

自动检测与人工检查怎样配合

在 QuPath 项目中打开组织芯片图像，进入 TR-TMA，按当前界面设置检测条件并执行自动检测。TR-TMA 还可自动识别行列数，并标记缺失核心。完成后，应核对实际核心、缺失位置、网格与编号，按需要做个别微调。

检查应覆盖整张芯片与代表性局部：完整核心是否被合理定位，缺失核心如何标记，碎片是否造成多余检测，边缘是否包含无关区域。项目的样本映射还应与实验记录核对，避免只看图像中的排列就推定样本身份。

自动检测承担核心定位的操作任务，人工检查确定这些区域是否适合当前分析。对于有明显组织脱落或破损的核心，可以记录可分析范围与排除依据，使后续比较保持清楚。

核心检测结果可以直接转为批注，继续下一步分析

TR-TMA 完成核心检测后，可以直接将 TMA Grid 中的核心转换为批注。 研究者核查核心位置、缺失情况和分析范围后，使用转批注功能，即可把检测结果转成后续模块能够选用的分析区域，减少重新逐个勾画核心区域的操作。

转换后，应检查批注是否覆盖本次需要分析的组织，并核对核心编号与样本记录。在多重免疫荧光场景中，可选择相应批注运行 TR-Seg 细胞分割，接续 TR-PhenoClass 表型分类与结果质控；形成可靠的细胞类别和位置后，再通过 TR-Spa 开展空间分析。其他染色图像则按适合的分析路径继续处理。

这一步将工作流程连接为：核心自动检测 → 核查与调整 → 转换为批注 → 选定批注开展后续分析。 核心数量较多时，转换并检查后的批注也可用于下文的分批组织与区域复用。

为什么较大的TMA任务适合分批分析

核心数量增加后，QuPath 项目需要管理更多批注、细胞对象、测量值和分类结果。任务较重时，可以采用分批方式：复用已检查的核心批注，让每个图像副本负责少量核心，再按编号汇总结果。

具体流程可以围绕一张 master 图像组织：先完成核心检测，将结果转为批注并检查，导出相应批注，再将其导入同一原图的其他副本。随后给每个副本指定负责的核心范围，分批开展细胞分析。

每个副本负责少量核心，细胞密集时再适当拆分，便于分批保存、检查和导出。分组可结合核心数量、细胞密度及运行情况调整。

如果副本经过裁剪、缩放或重新输出，批注坐标是否仍然适用需要重新检查。仅当图像和坐标关系一致时，原有区域才可以可靠复用。

从核心检测到结果汇总的流程

1. 整理样本与核心信息。 建立图像名称、核心编号与样本记录之间的对应。
2. 执行核心自动检测。 用 TR-TMA 生成位置结果，检查漏检、误检和缺失位置。
3. 将核心转为批注。 把检测结果直接转换为批注，检查分析区域并保存，按任务规模选择单次处理或分批处理。
4. 开展相应细胞分析。 MIF 场景先分割，再进行表型分类与结果检查；其他图像按适合的路径分析。
5. 保存并分批导出。 文件与表格保留样本、图像副本和核心编号，核查覆盖范围后再汇总。

结果汇总时应区分“分析了哪些核心”和“每个核心得到多少细胞或怎样的表型”。同一核心如果在多个任务中重复处理，应先明确版本或选择规则，再组织最终统计，保持来源可追溯。

TR-TMA的特点与实际价值

检测结果直接转为批注，衔接后续分析。 核心自动定位与人工检查完成后，可直接将结果转换为批注，作为细胞分割、表型分类等任务的区域输入。研究者可以从核心检测接续到选定区域内的分析，减少重复勾画和整理区域的操作。

围绕核心组织后续分批流程。 TR-TMA 完成核心定位与检查后，可利用 QuPath 的批注导出和导入流程复用区域，再由相应模块分批分析。样本映射与汇总由项目记录和后续整理保持对应；这些步骤共同减少重复整理区域的工作，并保留结果来源。

连接图像分析软件的其他能力。 TR-TMA 负责核心检测，细胞分割、表型、质控与空间统计分别由相应模块承担。清楚的模块分工便于根据图像和问题选择方案，也便于识别需要返查的环节。

TMA怎样进入完整分析流程

核心位置与编号确认后，将检测结果直接转为批注，即可在选定批注中运行 TR-Seg 和 TR-PhenoClass，再核查类别并进入空间分析。区域较多时，可复用批注、分批处理，或使用 TR-Pipeline 组织细胞分割、表型分析与数据导出；各批结果始终保留样本、图像和核心编号。

泰立瑞图像分析模块与功能

泰立瑞图像分析软件覆盖图像准备、细胞分析、结果质控与任务执行。研究者可根据图像类型和研究目标，选择相应模块衔接分析流程。

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常见问题

一张组织芯片包含多个核心，怎样自动检测和定位这些核心？

泰立瑞 TR-TMA 可自动检测组织芯片（TMA）核心、识别行列并标记缺失位置，帮助建立后续分析的区域基础。打开图像并执行检测后，应结合整张芯片和局部组织核查网格、编号、漏检与多余检测，按实际情况微调，再确定纳入分析的核心。

组织芯片存在缺失核心或不完整区域时，怎样检查和调整分析范围？

TR-TMA 支持缺失核心标记，检测后可结合真实组织检查各位置是否完整、是否存在碎片或边缘无关区域。研究者应按实际组织微调有效分析范围，并记录缺失、破损或排除情况；核心编号与样本身份还需和实验记录核对，使后续比较有清楚的样本来源。

TMA 核心检测后，能否直接转为批注并继续细胞分析？

可以。TR-TMA 检测生成 TMA Grid 后，可直接将核心转换为批注，也就是后续可选用的分析区域。核查区域后，多重免疫荧光图像可继续用 TR-Seg 分割细胞、TR-PhenoClass 做表型分类，再结合质控和可靠的细胞类别、坐标开展空间分析；其他染色图像则采用相应分析路径。

组织芯片核心较多时，怎样分批开展细胞分割、表型分析和数据导出？

可先将 TR-TMA 检测结果转为批注并检查，再按核心范围组织小批次。对于同一原图的不同副本，可通过 QuPath 批注导出、导入复用区域，并核对坐标一致性；也可用 TR-Pipeline 选择相应批注，批量执行分割、TR-PhenoClass 和导出。各批应记录负责的核心，便于检查覆盖及重复情况。

怎样保持核心编号、样本信息与分析结果之间的对应，方便后续汇总？

在项目记录中保留样本编号、原图或副本名称、核心编号及分析配置，并核对 TR-TMA 网格位置与实验样本表的对应。分批导出后，先检查缺失核心、重复处理和结果覆盖范围，再汇总统计。核心检测和转批注提供区域基础，样本映射与汇总仍需依据一致的项目记录完成。

结合组织芯片类型、核心规模与目标指标，了解 泰立瑞图像分析软件，或咨询 TR-TMA 演示与分析方案。

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